就像现在，除去一些小事，摆在他眼前的就有两件大事，这两件大事都是迫在眉睫的。
第一件事，就是皇宫。
清廷西狩，明军入城后清扫城中残敌，同时暂封了紫禁城。这样做是林建章等人出于考虑，紫禁城是皇帝居所，他们作为武将直接接手很不合适，所以暂封皇宫，一是为了避嫌，二来也是等待南京正式派人来接手处置。
这件事就需要孙嘉淦来进行处理，现在紫禁城虽然暂封，但不能说紫禁城内就没有人了，留下来的宫女太监还有不少，再加上锦衣卫作为皇帝亲军暂时充作侍卫，以守卫皇宫。
孙嘉淦到任后，对于皇宫中的宫女太监进行了删选留用，同时依造大明内宫要求重新进行调整。这些情况孙嘉淦也写成了详细奏折转报至南京，朱怡成对此并无异议，不过朱怡成提出三点要求。
这三点要求其一是必须确保皇宫完整，宫内物品整理归档不得遗失。其二是对于留用人员删选必须严格，无论是宫女还是太监要做成档案，此事需锦衣卫参与。其三就是去处皇宫内关于满清的痕迹，无论是宫门匾牌还是装饰，但凡有满清痕迹的一应不能留存。
毕竟，大明以后是要以北京为都城的，一个大明的皇帝在有明显带有满文满饰的皇宫中居住不成了天下人的笑柄？虽说现在大明财政困难，一时间还拿不出银子来重新修缮紫禁城，但只是进行简单的去处满清痕迹这点还是能做到的。
而第二件事更是重要，这件事是孙嘉淦离开南京时朱怡成特别关照的，那就是叮嘱孙嘉淦打听当年其祖父朱慈焕，也就是崇祯帝第五子，民间俗称的朱三太子，后名为王士元，和其父王兟（朱和兟）、叔父王在（朱和在）、堂弟王钰宝（朱怡钰）等人尸骨的下落。
当年，康熙狠下毒手，对他们施以极刑，后来朱怡成闻讯后在南京为其各人立了衣冠冢进行祭拜，而今北京城已经拿下，自然要收其尸骨以入土为安，这件事实际上锦衣卫一直在查询，但由于当时只知道其残尸被丢到了城外乱坟岗，至于究竟在何处却一直无法确定，所以让孙嘉淦到任后仔细打听。
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